La mayor parte de la superficie de 3,515 millas cuadradas de Puerto Rico es drenada por 134 cuencas hidrográficas incluyendo 54 cuencas mayores, 10 cuencas menores y 70 áreas costaneras. Entre estas 54 cuencas mayores, 32 drenan aproximadamente el 90 % del área superficial de la isla. El número total de áreas de drenaje, incluyendo zonas costaneras tales como humedales, lagunas y cañones sin cauces definidos es de 250. Las cuencas de mayor tamaño ocurren en las regiones Norte y Oeste. Las cuencas de mayor tamaño en estas regiones incluyen las del Río Grande de Loíza, Río Grande de Manatí, Río Grande de Arecibo, Río de La Plata, Río Culebrinas y Río Grande de Añasco. El área de captación acumulativa de estas seis cuencas principales es de aproximadamente 1,310 mi2, lo que representa el 37% del área superficial de la Isla. En comparación, las cuencas principales de la Región Sur, desde Cabo Rojo hasta Patillas, tienen un área de captación combinada de solamente 550 mi2. Esta diferencia significativa en el área de drenaje entre las regiones norte-oeste y sur se debe al desplazamiento hacia el sur de la Cordillera Central relativo al eje central de la Isla. Esto hace que la mayor parte del área superficial en las laderas de la cordillera se encuentre en las pendientes del norte-oeste. La longitud promedio de los ríos que drenan la Región Norte es de 25 millas, siendo el Río de la Plata el de mayor longitud con 58.5 millas, en comparación con una longitud promedio de 14 millas en los ríos que drenan las laderas del sur. Debido a su mayor área y longitud los ríos de las regiones Norte y Oeste descargan una cantidad mucho mayor de la escorrentía total de la Isla que los ríos de la Región Sur. 

El mapa siguiente provee enlaces directos a sub-capítulos del "Inventario de Recursos de Agua de Puerto Rico" describiendo las características generales de las 32 cuencas principales en Puerto Rico. Este inventario fue preparado en el 2004 como parte del "Plan Integral de Recursos de Agua de Puerto Rico" del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA). Los escritos sobre las cuencas fueron originalmente redactados por el grupo de la Oficina del Plan de Aguas incluyendo a Sigfredo Torres (USGS); Angeles Vélez; Silvana Palacios; Rafael Guerrero; Janie Aponte; Héctor Santiago (DRNA); y Myriam Piazza, bajo la dirección técnica y administrativa de Ferdinand Quiñones y Marianela Torres (DRNA).

Al presionar el semicírculo amarillo con las iniciales de la cuenca de interés, el enlace conecta directamente al capítulo pertinente (Ejemplo: circulo amarillo con GJ conecta al sub-capítulo "Cuenca del Río Guajataca"). Los escritos y figuras en cada capítulo pueden copiarse y imprimirse o integrarse directamente a otros documentos. Los capítulos del "Inventario de Recursos de Agua de Puerto Rico" pueden también bajarse en formato PDF de la sub-página sobre el "Plan Integral de Aguas de Puerto Rico" presionando el siguiente enlace: 

Luego del mapa interactivo se incluyen diagramas generalizados de cada una de las cuencas indicadas. 

Cuenca del Rio Guajataca

Cuenca del Rio Camuy

Cuenca del Area del Caño Tiburones

Cuenca del Rio Grande de Manatí

Cuenca del Rio Cibuco

Cuenca del Rio Grande de La Plata

Cuenca del Rio Bayamón

Cuenca del Rio Piedras

Cuenca del Rio Grande de Loíza

Cuenca del Rio Mameyes

Cuenca del Rio Juan Martín

Cuenca del Rio Grande de Patillas

Cuenca del Rio Blanco

Cuenca del Rio Coamo

Cuenca del Rio Jacaguas

Cuenca del Rio Portugués